图2、研究概况示意图。
3、WES+RNA-seq
题目：Integrativeimmunogenomicanalysisofgastriccancerdictatesnovelimmunologicalclassificationandthefunctionalstatusoftumor-infiltratingcells胃癌的综合免疫遗传学分析决定了新的免疫分类和肿瘤浸润细胞的功能状态发表期刊：ClinTranslImmunology发表时间：-10-17影响因子：6.摘要速览：目的：更好地理解抗肿瘤免疫将有助于预测胃癌患者的预后，并为每个患者量身定制合适的治疗方法。因此，研究者提出了一种新的胃癌免疫学分类方法。方法：本研究对29例接受手术的胃癌患者进行了WES、RNA-seq和流式细胞检测。TCGA数据集的名胃癌患者和45名接受派姆单抗的患者的RNA-seq数据也进行了分析。结果：对胃癌的癌症-免疫相互作用的免疫图谱分析揭示了四种主要类型的免疫特征，命名为热Hot1、热Hot2、中间型和冷型。免疫热肿瘤表现出功能失调的T细胞信号，而冷肿瘤具有排斥信号。离体肿瘤浸润淋巴细胞分析记录了具有检查点分子表达和细胞因子产生受损的T细胞功能障碍。Hot1肿瘤的T细胞功能受损比Hot2肿瘤更严重。在本次研究的队列和TCGA队列中，Hot2亚型患者的存活率更高。虽然这些免疫亚型在一定程度上与TCGA的分子亚型重叠，但不能仅根据胃癌的组织学或分子分型来预测瘤内免疫反应。分子和免疫分类相互补充，以预测对抗PD-1治疗的反应，并有可能成为胃癌治疗的生物标志物。结论：胃癌的免疫学分类可分为四种亚型。热肿瘤进一步分为两个亚型，它们之间T细胞的功能状态不同。图3、胃癌免疫亚型的决策树图。
4、RNA-seq+qRT-PCR题目：p50suppressescytotoxicTlymphocyteeffectorfunctiontoregulatetumorimmuneescapeandresponsetoimmunotherapyp50抑制细胞*性T淋巴细胞效应子功能以调节肿瘤免疫逃逸和对免疫疗法的反应发表期刊：JImmunotherCancer发表时间：-10-8影响因子：9.摘要速览：背景：NF-κB是炎症和癌症之间的关键环节。以往对NF-κB的研究大多集中在肿瘤细胞上，T细胞中NF-κB在肿瘤发展和免疫治疗反应中的内在功能在很大程度上尚不清楚。本研究旨在检验T细胞中NF-κB1(p50)激活是人类结肠癌免疫逃逸和人类癌症对抗PD-1免疫疗法无反应的基础这一假设。方法：筛选了人结肠癌中NF-κB的活化，并用小鼠模型测定肿瘤细胞和免疫细胞中p50的功能。RNA-Seq用于鉴定p50靶基因。p50与靶基因启动子的结合通过电泳迁移率测定和染色质免疫沉淀来测定。p50活化评分由基因表达谱产生，并用于将p50活化与T细胞活化和人类癌症患者的纳武单抗前和纳武单抗后免疫治疗的功能联系起来。结果：p50是NF-κB的主要形式，在人大肠癌微环境的免疫细胞和邻近的非肿瘤性结肠上皮细胞中被高度激活。肿瘤细胞内在p50信号和T细胞内在p50信号在体内肿瘤生长控制中发挥相反的功能。在临床前小鼠模型中，肿瘤细胞中Nfkb1的缺失增加而T细胞中的Nfkb1的缺失减少了肿瘤的生长。基因表达谱确定Gzmb是T细胞中的p50靶标。p50直接与T细胞中Gzmb启动子上以前未表征的κB序列结合，导致肿瘤浸润细胞*性T淋巴细胞(CTLs)中Gzmb表达的抑制，从而诱导功能失调的CTL表型，促进肿瘤免疫逃逸。p53活化与人大肠癌中GZMB表达和T细胞肿瘤浸润呈负相关。此外，纳武单抗免疫疗法降低了人类黑色素瘤患者的p50活化并增加了GZMB的表达。结论：炎症激活p50，p50与Gzmb启动子结合，抑制颗粒酶B在T细胞中的表达，导致CTL功能障碍，导致肿瘤免疫逃逸和抗PD-1免疫治疗反应减弱。图4、野生型和p50KO小鼠肿瘤的RNA-seq分析。
动植物领域5、RNA-seq+qRT-PCR题目：Environmentallyrelevantconcentrationsofboscalidexposureaffectstheneurobehavioralresponseofzebrafishbydisruptingvisualandnervoussystems环境相关浓度的啶酰菌胺暴露可以通过破坏视觉和神经系统影响斑马鱼的神经行为反应发表期刊：JHazardMater.发表时间：-10-23影响因子：9.摘要速览：啶酰菌胺是一种持久性杀菌剂，经常在地表水中检测到，可能对水生生物具有神经*性。在此，研究者评估了环境相关的啶酰菌胺浓度对斑马鱼的影响，以探讨其潜在的神经*性作用机制。对啶酰菌胺处理后幼体和成体斑马鱼的行为反应(游泳、趋光性和捕食)、组织病理学、转录组学、生化参数分析和基因表达进行了评估。研究发现啶酰菌胺在暴露8天后显著抑制幼虫的运动能力和趋光反应，并在暴露21天后改变成虫的运动活动、捕食轨迹和能力。斑马鱼在接触0.1和1.0毫克/升啶酰菌胺后，捕食率分别降低了30%和%。暴露于啶酰菌胺后，在幼虫和成虫中也观察到眼睛细胞分化的不利变化和脑损伤。与神经发育、神经传递、眼睛发育和视觉功能相关的基因表达，结合RNA-Seq结果，表明啶酰菌胺可能损害斑马鱼幼体的视觉光诱导和神经系统过程。综上所述，啶酰菌胺暴露可能通过损害正常的视觉和神经系统功能而影响斑马鱼的神经行为反应。图5、暴露于啶酰菌胺斑马鱼差异表达基因的GO和KEGG富集分析。6、RNA-seq+qRT-PCR题目：EffectsofbutylbenzylphthalateexposureonDaphniamagnagrowth,reproduction,embryonicdevelopmentandtranscriptomicresponses邻苯二甲酸丁苄酯对大型溞生长、繁殖、胚胎发育和转录反应的影响发表期刊：JHazardMater.发表时间：-10-3影响因子：9.摘要速览：邻苯二甲酸丁苄酯(BBP)广泛用作增塑剂，以增加塑料产品的可塑性和柔韧性。尽管BBP的潜在健康危害最近受到了广泛